Flautukonsertinn var samin árið 1973 fyrir Robert Aitken og hlaut Atli Tónskáldaverðlaun Norðurlandaráðs fyrir hann árið 1976. Konsertinn er einn þáttur en er í þremur hlutum. "Það er í þessu venjuleg dramatísk uppbygging, nema það er byrjað á hápunktinum," segir Atli rétt eins og slíkt uppbygging sé alvanaleg. Fyrirmæli tónskáldsins til einleikarans eru líka óvenjuleg. Fyrst koma nótur, síðan koma teikningar og loks eru bara orð, og í endanum er sólistinn skilinn einn eftir með bambusflautu og tónskáldið kveður með "goodbye" og lætur sólistanum eftir að ljúka verkinu. Verkið er bæði rómantískt og súrrealískt og í anda nútímans.